วัดหน้าต่างนอก ตั้งขึ้นในสมัยปลายกรุงศรีอยุธยา หรือ เมื่อประมาณ พ.ศ. ๒๓๐๐ โดย หลวงปู่เณร เป็นผู้ก่อตั้ง วัดหน้าต่างนอกได้รับการรับรองสภาพวัดจาก สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ หนังสือรับรองที่ พศ ๐๐๐๓/๖๒๐๕ เมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๗ โดยมี นางบุญศรี พานะจิตต์ เป็นรองผู้อำนวยการ ปฏิบัติราชการแทนผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เป็นผู้เซ็นรับรอง
เหตุที่ชื่อ “วัดหน้าต่างนอก” ก็มีการสันนิษฐานมาจากเหตุ ๒ ประการ คือ ประการที่ ๑ ในสมัยนั้นกองทัพพม่าที่ยกมาตีกรุงศรีอยุธยา ได้ตั้งค่ายใกล้กับสะพานสีกุก ทางกองทัพกรุงศรีอยุธยาก็ได้ให้ทหารหน่วยสอดแนมสอดส่องดูความเคลื่อนไหวของกองทัพพม่า โดยให้ดูด้วยการเปิดหน้าต่าง หน้าต่างใน หมายถึง ใกล้ชายแม่น้ำน้อย ก็คือตรงที่ตั้งวัดหน้าต่างใน ส่วน หน้าต่างนอก ก็หมายถึง ทางนอกทุ่ง ก็คือที่ตั้งวัดหน้าต่างนอก ประการที่ ๒ ในสมัยนั้น
พระภิกษุสงฆ์ท่านมีความเคร่งครัดในแนวทางปฏิบัติพระกัมมัฏฐาน และได้มีการมีการสันนิษฐานว่า เดิมทีตรงที่ตั้งวัดหน้าต่างนอก เป็นพื้นที่ส่วนหนึ่งของวัดหน้าต่างใน ซึ่งพระภิกษุสงฆ์ใช้เป็นที่สำหรับปฎิบัติธรรมกัมมัฏฐาน และ คงจะมีการสร้างเสนาสนะขึ้นด้วย เพื่อความสดวกในการปฏิบัติ ต่อมา หลวงปู่เณร จึงได้ตั้งเป็นวัดขึ้น อาจจะตั้งชื่อวัดโดยอรรถโดยธรรมก็ได้ เช่น วัดหน้าต่างนอก ท่านหมายเอาอายตนะภายนอก คือ รูป รส กลิ่น เสียง สัมผัส ธัมมารมณ์ วัดหน้าต่างใน ท่านหมายเอา อายตนะภายใน คือ ตา หู จมูก ลิ้น กาย ใจ.
